Grâce au journal de Franz Hopper enfin décrypté, Jérémie a compris la nature du virus qui lie Aëlita à XANA : il s'agit d'un « fragment » de la jeune fille que XANA a dérobé. Il faut à tout prix le récupérer pour pouvoir enfin arrêter le Supercalculateur et détruire XANA ! Mais de son côté, Aëlita est perturbée par certaines révélations la concernant contenues dans le journal de Franz Hopper. Du coup, elle tente d'arrêter elle-même le supercalculateur, mettant sa vie en danger. Jérémie la sauve et parvient à la convaincre de participer à la dernière mission sur le 5ème territoire afin de récupérer son fragment manquant. L'ultime combat contre XANA se prépare…